清算期間が1か月を超える場合は、注意が必要です。

清算期間が1か月を超える場合は、1か月単位で週平均50時間を超えた労働時間に対して割り増し賃金を支払わなければならないとされています

月の暦日数が30日なら、214.2時間、31日なら221.4時間を超えて労働した場合は、超えた時間数に対する割増賃金が発生するのです。
（計算式は50時間×暦日数÷7日）

そして、清算期間（1か月超～３か月）における〈法定労働時間の総枠〉を超えた労働時間数からすでに支払った割増賃金分の時間数を差し引いて割増賃金の額を計算し、清算期間の最終月に支給します。
つまり、週平均40時間超50時間未満の時間に対する割増賃金は最終月にまとめて清算します。

このふたつに該当したら割増賃金を支払わなければならないということです。
・1か月ごとの労働時間が、週平均50時間を超えた。（清算期間が1か月を超える場合）
・清算期間全体の労働時間が、週平均40時間を超えた。

答えはNO。

週平均50時間を超えたため割増賃金を支払ったけれど、結局最後は清算期間を通して週40時間を超えていなかった。（＝時間外労働は0時間だった）
そんな場合も考えられますね。
すでに支払った割増賃金を労働者から戻してもらうことはできるのかというと、それはできません。
１か月単位で支払った割増賃金はその時点で確定となり、後から帳消しにはできないことに留意してください。