清算期間は、賃金締切日に合わせて月単位とすることが多いでしょう。

月単位（1か月、2か月、3か月）の清算期間とした場合は、〈法定労働時間の総枠〉の範囲内で定めなければならないとされています。
法定労働時間というのは、1日8時間、1週間に40時間のことです。

フレックスタイム制は清算期間において週平均40時間を超えなければよいとされているので、その〈法定労働時間の総枠〉の計算方法は〈40時間×清算期間の暦日数÷7日〉となります。
これを超えない範囲で総労働時間を定めなければならないということになります。

【清算期間が1か月の場合】
31日：177.1時間
30日：171.4時間
29日：165.7時間
28日：160.0時間

【清算期間が2か月の場合】
62日：354.2時間
61日：348.5時間
60日：342.8時間
59日：337.1時間

【清算期間が3か月の場合】
92日：525.7時間
91日：520.0時間
90日：514.2時間
89日：508.5時間

”1か月を超える”とあるので、清算期間を1か月とした場合は気になさらなくて大丈夫です。

清算期間が1か月を超える場合は、
◎労使協定を所轄の労働基準監督署に届け出なければなりません。これに違反すると罰則（30万円以下の罰金）が課せられることがあります。
◎1か月単位で週平均50時間を超えて労働した場合には割増賃金の支払いが発生します。

◎36協定
フレックスタイム制であっても労働時間が週平均40時間を超える可能性があるなら、36協定を締結し所轄の労働基準監督署に届け出をしておきましょう。

◎時間外労働の上限規制
➀単月100時間未満（休日労働を含む）
②2か月平均、3か月平均、4か月平均、5か月平均、6カ月平均のいずれもが月平均80時間以内（休日労働を含む）
③月45時間を超えることができるのは年6回まで。

上記3点すべてを満たしていなければなりません。
毎月きちんと労働時間を把握し、法違反とならないよう気をつけましょう。

※休日労働とは、1週間に1日の法定休日に労働することです。